马铃薯块茎在贮藏期间的损失是不可避免的。马铃薯在贮藏期间块茎重量的自然损耗是不大的，引起损失的原因一般有蒸发、呼吸、发芽、被细菌或真菌侵染和虫害等，伤热、受冻、腐烂所造成的损失是最主要的。目前国内马铃薯的贮藏损失在15%到20%，国外由于贮藏条件的改善和贮藏管理技术提高，贮藏损失在5%以下。

1.蒸发损耗  马铃薯块茎含有75%左右的水分，贮藏期间主要的重量损失是失水。水分通过薯块儿的薯皮、伤口和芽蒸发，其中从伤口和芽散失的水分比成熟薯皮蒸发损失的要多得多。皮、伤口和芽在单位表面积上水分散失的比例为1:300:100。因此假如薯块受伤未愈合或薯块发芽，都会引起严重的蒸发失水。蒸发式水在很大程度上取决于通风率、通风时间和窖内相对湿度。由于贮藏堆中空气流通或通风对于保持块茎表面干燥，除去呼吸作用产生的热量，并给薯块供应足够的氧气是非常必要的。因此失水是无法避免的。一般情况下，薯块在贮藏的第一个月使水量为块茎鲜重的1.5%，以后大约每个月为0.5%左右。

2.呼吸损失  刚收获的块茎呼吸作用旺盛在温度增高或块茎受伤染病等情况下呼吸强度更高。呼吸强度和二氧化碳热量的产生主要取决于块茎的温度，其他的影响因素为薯块的成熟度和是否有伤以及含糖量。不成熟、受损坏或已经开始萌芽的薯块具有较高的呼吸强度。未成熟的薯块在收获后呼吸强度高于成熟薯块，两周后转入正常。贮藏温度高，呼吸损失大。实践证明，贮藏温度在4℃～8℃的损失是最小的。贮藏期间块茎周围应当不断地补充新鲜空气，及时除去块茎呼吸产生的二氧化碳以避免薯块的缺氧而产生黑心。贮藏期间，块茎由于水分散发，呼吸消耗，经过贮藏，块茎约损失总量的6.5%～11%。

3.发芽损失  发芽引起的巨大损失是由于蒸发、呼吸增强及碳水化合物从薯块向芽的转移。随着温、湿度的增加，芽的生长速度加快。温度在2℃～4℃时，很少发芽。因此要长时间贮藏马铃薯，贮藏温度应控制在4℃以下。否则，作为食用和加工用的块茎，要采取措施防止发芽，如喷抑芽剂等。但是当温度超过18℃时使用目前的抑芽剂作用很小。

4.由真菌、细菌引起的损失  马铃薯在贮藏期间，由于病害的侵染会造成严重的损失，尤其是在薯块入窖贮藏前已经部分受侵染、被机械损坏或表皮幼嫩的损失更大。感染病菌的块茎呼吸作用加强，细胞组织软化腐烂，严重者会导致块茎既不能作为商品食用，也不能做种薯。只有干净健康皮好的薯块才能在贮藏期间对真菌、细菌及虫害的侵蚀有较强的抵抗力，才能减少损失。   

据调查内蒙古、河北、山西三省区贮藏期间引起软腐的主要病害有黑胫病、环腐病、晚疫病等，引起干腐病的主要病害有镰刀菌干腐病等。其他薯皮病害还有黑痣病、早疫病等，虽然不引起腐烂，但会在贮藏期间传播并影响薯块的质量，特别是种薯贮藏中不能忽视这些病害的防治。   

贮藏中良好的通风和尽可能的低温条件能够减轻真、细菌病害引起的损失，但贮藏温度不能低于1℃。潮湿的块茎或收获时被雨淋湿的块茎，绝对不能贮藏，必须是使其晾干后才能贮藏。