2n=48,马铃薯种S.tubersum L.的,马铃薯亚种S.tubersum L.ssp.tuberosum L.与另一亚种为安第斯亚种S.tubersum ssp.andigena(Juz.et Buk.)Hawkes的主要区别是在长日照条件下形成块茎。该亚种被西班牙征服后,将安第斯亚种带到欧洲,在长日照条件下经人工选择形成马铃薯亚种。但从马铃薯亚种的起源,不难看出基因库是比较贫乏的。因为最初自南美引入欧洲,只是很少数安第斯亚种的材料。同时由这些材料育成的品种,又由于1845年晚疫病大发生而大量被毁灭,从而造成利用马铃薯亚种的育成品种多为近亲繁殖系,并且杂种优势也不显著。
利用轮回选择,自适应短日照的安第斯亚种选育成适于长日照的新型栽培种(Neo-Tubersum),具有许多育种价值的性状和特征,如对晚疫病具有高度田间抗性、抗线虫、高淀粉含量,抗青枯病等,并且普通栽培品种与新型栽培种的杂种具有显著的杂种优势。北美和欧洲一些国家,均利用其作为杂交亲本,育成了一些优良新品种。